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Hardware
Scientific Computing Packages
Scientific Libraries
Parallel API's
Compilers and Languages
Debuggers and Profilers
Unix Shells
Editors
Queuing System

ACEnet maintains an HPC hardware infrastructure at six of its partnering institutions.

Cluster

Location

Description

Cores Available

Primary Storage

Secondary Storage

RAM/Core

 Placentia

 Memorial University

 Heterogeneous & Gaussian Cluster

 750

 

 

 

 Mahone

 Saint Marys University

 Myrinet Parallel Cluster

 560

 

 

 

 Brasdor

 St. Francis Xavier University

 Throughput Cluster

 1000

 

 

 

 Fundy

 University of New Brunswick (Fredericton)

 Fat Node Cluster

 640

 

 

 

 Courtenay

 University of New Brunswick (Saint John)

 Testbed Cluster

 60

 

 

 

 Glooscap

 Dalhousie University

 Math Focused Cluster

 240

 

 

 

 

Software Available

 

Scientific Computing Packages

Software Version Brasdor Mahone Placentia Fundy Glooscap other

ABINIT

5.4.4

Y

Y

Y

Y

Y

-

CPMD

3.13.2

Y

Y

Y

Y

Y

-

DiVinE

0.7.2

Y

Y

Y

Y

Y

-

DL_POLY

3.08

Y

Y

Y

Y

Y

-

elmer-fem

5.4.1

Y

Y

Y

Y

Y

-

Quantum-ESPRESSO

4.0

Y

Y

Y

Y

Y

-

feh

1.3.4

Y

Y

Y

Y

Y

-

FLUENT

6.3.26

-

-

Y

-

-

SGI

(6.1.22)

GAP

4.4.10

Y

Y

Y

Y

Y

-

GAMBIT

2.4.6

-

-

Y

-

-

SGI

(2.3.16)

GAMESS(US)

April 2008

Y

Y

Y

Y

Y

-

GAUSSIAN

G03.D02

-

-

Y

-

-

SGI

(G03.B05)

GROMACS

3.3.3

Y

Y

Y

Y

Y

-

LAMMPS

21 May 2008

Y

Y

Y

Y

Y

-

Macaulay2

1.1

Y

Y

Y

Y

Y

-

MATLAB

-

-

-

Y

-

-

-

Mathematica

-

-

-

Y

-

-

-

Molden

4.6

Y

Y

Y

Y

Y

-

MrBayes

3.1.2

Y

Y

Y

Y

Y

-

NAMD

2.6

-

Y

-

Y

-

-

NCAR graphics

5.0.0

-

Y

-

-

-

-

NWChem

5.1

Y

Y

Y

Y

Y

-

Octave

2.1.57

Y

Y

Y

Y

Y

-

PhyML

2.4.4

-

Y

-

-

-

-

R

2.8.0

Y

Y

Y

Y

Y

-

Sage

3.1.2

Y

Y

-

-

Y

-

Spin

5.1.6

Y

Y

Y

Y

Y

-

StarLab

4.4.2

-

-

Y

-

-

-

VMD

1.8.6

-

Y

-

Y

-

-

VTK

5.0.4

-

Y

-

-

-

-

Scientific Libraries

Software Version Brasdor Mahone Placentia Fundy Glooscap Other

ACML

part of PGI

Y

Y

Y

Y

Y

-

BLAS

-

Y

Y

Y

Y

Y

-

FFTW

3.1.2 & 2.1.5

Y

Y

Y

Y

Y

-

GMP

4.1.4-3

Y

Y

Y

Y

Y

-

GSL

1.9

Y

Y

Y

Y

Y

-

HDF4 and HDF5

-

Y

Y

Y

Y

Y

-

NetCDF

3.6.3

Y

Y

Y

Y

Y

-

Sun Performance Library

part of SS12

Y

Y

Y

Y

Y

-

szip

2.0

Y

Y

Y

Y

Y

-

Parallel APIs

Software Version Brasdor Mahone Placentia Fundy Glooscap Other

MPI

-

Y

Y

Y

Y

Y

-

OpenMP

-

Y

Y

Y

Y

Y

-

pyMPI

2.4b4

Y

Y

Y

Y

Y

-

BLACS

1.1

-

Y

-

-

-

-

Compilers & Languages

Software Version Brasdor Mahone Placentia Fundy Glooscap Other

Portland Group compilers (C, C++, Fortran)

7.1.5

Y

Y

Y

Y

Y

-

Sun Studio 12 Compilers (C, C++, Fortran)

12.0

Y

Y

Y

Y

Y

-

GNU compilers (C, C++, Fortran, Java)

3.4.6

Y

Y

Y

Y

Y

-

Java, 64-bit VM

6u7

Y

Y

Y

Y

Y

-

Perl

5.8.5

Y

Y

Y

Y

Y

-

Python

2.3.4

Y

Y

Y

Y

Y

-

Ruby

1.8.1

Y

Y

Y

Y

Y

-

Debuggers & Profilers

Software Version Brasdor Mahone Placentia Fundy Glooscap Other

gdb

6.2.1

Y

Y

Y

Y

Y

-

dbx

7.5

Y

Y

Y

Y

Y

-

pgdbg

7.1-5

Y

Y

Y

Y

Y

-

pgdebug

7.1-5

Y

Y

Y

Y

Y

-

pgprof

7.1-5

Y

Y

Y

Y

Y

-

Sun Studio

12.0

Y

Y

Y

Y

Y

 

TotalView

8.6.0-3

-

Y

Y

Y

Y

-

Valgrind

3.1.1-1

-

Y

Y

Y

-

-

Unix Shells

Software Version Brasdor Mahone Placentia Fundy Glooscap Other

tcsh

6.13.00

Y

Y

Y

Y

Y

-

bash

3.00.15(1)

Y

Y

Y

Y

Y

-

 

Editors

Software Version Brasdor Mahone Placentia Fundy Glooscap Other

vi

6.3.82

Y

Y

Y

Y

Y

-

vim

6.3

Y

Y

Y

Y

Y

-

emacs

21.3.1

Y

Y

Y

Y

Y

-

xemacs

21.4

Y

Y

Y

Y

Y

-

 

Queuing System

Software Version Brasdor Mahone Placentia Fundy Glooscap Other

SUN N1 Grid Engine

6.1

Y

Y

Y

Y

Y

-