Lutte contre les poux de mer dans l'élevage du saumon
Gregor McEwan veut aider les salmoniculteurs à gérer les poux de mer dans leurs fermes, et il utilise le supercalcul pour y parvenir. Il semble étrange de penser que la recherche sur la vie aquatique implique l’informatique de haute performance, mais c’est exactement ce que fait McEwan, un scientifique de recherche.
Il travaille sous la supervision du professeur Crawford Revie dans le laboratoire de Revie au Département de gestion de la santé du Atlantic Veterinary College de l’Université de l’Île-du-Prince-Édouard. L’élevage de saumon est une industrie qui vaut plus de 16 milliards de dollars dans le monde, et le Canada en est le quatrième plus grand producteur après la Norvège, le Chili et l’Écosse.
Le saumon d’élevage est élevé à partir d’œufs dans des installations terrestres et, lorsqu’il est assez grand, il est transféré dans des cages en mer. Les poissons sont gardés dans les cages jusqu’à ce qu’ils atteignent le poids de récolte — généralement de trois à cinq kilogrammes. Après cela, ils sont envoyés aux usines de transformation pour éventuellement devenir des filets disponibles en vente au détail.
Mais souvent, dans les cages en mer, les poux de mer, l’un des problèmes les plus répandus auxquels sont confrontés les salmoniculteurs, envahissent.
Ils s’attachent au saumon et se nourrissent du mucus, de la chair et du sang du poisson, causant de l’inconfort et réduisant l’immunité du saumon. “Habituellement, [en raison des problèmes d’immunité], ils tombent ensuite malades à cause d’autre chose, mais un nombre suffisant de poux de mer tueront également le saumon”, explique McEwan. “C’est un problème majeur pour les salmoniculteurs et ils sont particulièrement intéressés à utiliser les méthodes de traitement dont ils disposent — qu’il s’agisse de produits chimiques ou de traitements mécaniques comme les bains d’eau chaude — pour le résoudre.” McEwan essaie de déterminer comment ils peuvent utiliser les traitements existants le plus efficacement possible et selon quels types de schémas ils devraient les utiliser. “Je crée des simulations informatiques pour essayer différentes stratégies”, explique McEwan. “Il est coûteux de les essayer en temps réel sur la ferme salmonicole, donc il est logique de les simuler sur des ordinateurs.” Pour que la simulation fonctionne, il doit définir des paramètres — comme “combien de poux arrivent à la ferme ?” — ce qui est délicat.
De telles informations sont inconnues car il n’est pas faisable de compter les poux en pleine mer autour de chaque ferme. “Je prends toutes les informations historiques que je peux obtenir sur l’environnement et les registres hebdomadaires des salmoniculteurs concernant le nombre de poux de mer sur les saumons”, explique McEwan. “J’entraîne le modèle avec ces informations et j’extrais les paramètres pertinents.
J’utilise des algorithmes d’apprentissage automatique pour obtenir les bons paramètres pour le modèle. Je peux utiliser le modèle de tendance pour créer des prédictions pour l’avenir. Nous pouvons exécuter des scénarios où nous disons, ‘d’accord, que se passe-t-il si ceci arrive, ou que se passe-t-il si nous utilisons ce type de stratégie ?’” L’une des choses que McEwan doit considérer est la capacité des poux à développer une résistance génétique aux traitements chimiques.
Par exemple, des recherches antérieures ont étudié les répercussions des saumons sauvages s’approchant des cages de la ferme.
Les saumons sauvages portent des poux, mais McEwan a découvert que, parce que leurs poux sont génétiquement naïfs aux traitements chimiques, ils apportent ce qu’il appelle un “nettoyeur génétique” à l’équation. “Oui, vous vous retrouvez avec quelques poux de plus à court terme, mais les traitements que vous utilisez sont plus efficaces et fonctionnent beaucoup plus longtemps parce que la résistance génétique est éliminée de la population”, dit-il. “C’est en fait un avantage net.” Pour les simulations de McEwan, les ressources d’ACENET sont vitales.
Son laboratoire dispose d’ordinateurs puissants, mais rien à l’échelle d’ACENET. Il dit que sans ACENET, tout ce qu’il fait prendrait des mois au lieu de semaines. “Nous ne serions jamais terminés.”